L'émergence de variants plus infectieux du virus COVID-19 risque de ralentir la sortie de crise au niveau mondial et de remettre en cause l'immunité vaccinale actuelle. Pour aider les gouvernements et les services de santé à identifier ces variants plus rapidement et à agir en conséquence, l'Université d'Oxford et Oracle ont créé un Système Mondial d'Analyse des Pathogènes (GPAS – Global Pathogen Analysis System) associant la plateforme évolutive de suivi des pathogènes d'Oxford (SP3 – Scalable Pathogen Pipeline Platform) et la puissance d'Oracle Cloud Infrastructure (OCI). Cette initiative s'appuie sur les travaux d'un consortium financé par Wellcome Trust regroupant le Service de Santé Publique du Pays de Galles, l'Université de Cardiff et le Service de Santé Publique d'Angleterre.

«Ce nouvel outil puissant permettra aux spécialistes de la santé publique des organismes de recherche, des services publics de santé et des sociétés de diagnostic à travers le monde de mieux comprendre les maladies infectieuses, en commençant par le coronavirus», déclare Derrick Crook, Professeur de Microbiologie au Service de Médecine de Nuffield au sein de l'Université d'Oxford.

«Le Système Mondial d'Analyse des Pathogènes permettra d'établir un standard international commun pour assembler et analyser ce nouveau virus, ainsi que d'autres menaces microbiennes pour la santé publique. Ce système ajoute une nouvelle dimension à nos capacités de traitement des données des pathogènes. Nous sommes enthousiasmés par ce partenariat avec Oracle qui nous permettra d'approfondir nos recherches grâce à cette nouvelle plateforme à la pointe de la technologie.»

Initialement utilisé pour la tuberculose, SP3 a été repositionné pour unifier, standardiser, analyser et comparer les données de séquençage du SARS-CoV-2, afin de produire des séquences génomiques annotées et d'identifier les nouveaux variants ainsi que ceux qui s'avèrent préoccupants. Les capacités de traitement de SP3 ont été enrichies grâce à de nouveaux développements importants réalisés par Oracle, permettant d'atteindre des hautes performances avec une sécurité maximale et une disponibilité mondiale en 24x7 du système SP3 dans Oracle Cloud. Le système SP3 fournira désormais des résultats complets et standardisés des analyses de la COVID-19 quelques minutes seulement après leur soumission, et ceci à l'échelle internationale. Les résultats seront partagés avec de nombreux pays à travers le globe dans un environnement sécurisé.

«La capacité à examiner de façon systématique les variants génétiques de nombreux pathogènes apportera de nombreux bénéfices déterminants pour la santé publique mondiale. Avec Oracle comme partenaire, ce programme nous rapproche encore plus de cet objectif», déclare Sir John Bell, Professeur Regius de Médecine de l'Université d'Oxford.

En s'appuyant sur les capacités étendues d'Oracle Cloud en matière d'apprentissage automatique, les scientifiques, les chercheurs et les gouvernements du monde entier qui collaborent à ce projet peuvent ainsi pour la première fois traiter, analyser, visualiser et agir sur une large collection de données du pathogène COVID-19. Ces fonctionnalités incluent notamment l'identification de variants spécifiques et leur impact potentiel sur l'efficacité des vaccins et des traitements. Par exemple, les tableaux de bord analytiques du système montreront quelles souches spécifiques se propagent plus rapidement que d'autres et si certaines caractéristiques génétiques contribuent à l'augmentation de la transmissibilité ou à une baisse d'efficacité du vaccin. Oxford a déjà traité la moitié des séquences mondiales du SARS-CoV-2, soit plus de 500'000 en tout.

«Il y a un besoin critique de coopération mondiale sur le séquençage et l'analyse du génome de la COVID-19 et d'autres pathogènes», déclare Larry Ellison, Oracle Chairman & CTO. «Le système SP3 renforcé va constituer un standard mondial pour la collecte et l'analyse des données des pathogènes, permettant ainsi aux chercheurs en médecine de mieux comprendre le virus COVID-19 et d'autres microbes menaçant la santé publique.»

La prochaine étape sera d'étendre ce service à tous les pathogènes tout en collaborant avec les scientifiques des organismes de recherche, des agences de santé publique et des entreprises privées afin que ce travail puisse nourrir la prise de décisions sur les stratégies de réponse aux pandémies dans le monde entier.

Cette plateforme sera utilisable gratuitement par tous les chercheurs et les organismes à but non lucratif de la planète.

«La plateforme SP3 est le fruit de l'implication et des travaux de conception et de test effectués ces dernières années dans le cadre d'une collaboration étroite entre des chercheurs de l'Université de Cardiff, l'Université d'Oxford, le Service de Santé Publique d'Angleterre et l'Institut Européen de Bio-informatique, ainsi que d'autres acteurs de la santé publique du Royaume-Uni. Ce nouveau Système Mondial d'Analyse des Pathogènes permettra aux scientifiques impliqués d'analyser un ensemble de données mondiales avec de nouvelles approches, pour améliorer la compréhension des variants des virus préoccupants et de leur potentiel de propagation», déclare le Professeur Thomas R. Connor de l'Ecole de Bioscience de l'Université de Cardiff.

Le Dr Isabel Oliver, Directrice du Service National des Infections au Service de Santé Publique d'Angleterre, commente ainsi cette annonce : «Cette donation va permettre d'accélérer notre capacité à partager les données de séquençage génomique avec nos collègues du monde entier. Il est crucial pour nos efforts collectifs de lutte contre la pandémie actuelle de disposer de solides capacités d'analyse génomique et de partage des données, mais ces capacités nouvelles auront également un impact positif sur les réponses que nous pourrons apporter à l'avenir aux autres pathogènes. Cette plateforme pourra avoir un impact majeur sur la santé publique internationale et la sécurité sanitaire mondiale. Avec l'émergence de nouveaux variants du SARS-CoV-2 à travers le monde, nous avons besoin d'une véritable coopération mondiale pour réagir efficacement. Les partenariats tels que celui-ci sont absolument vitaux pour s'assurer que nous puissions contenir l'impact de la COVID-19 sur la population mondiale, et renforcer en permanence notre capacité à faire face aux menaces émergentes dans les années à venir.»

Le Système Mondial d'Analyse des Pathogènes s'appuie sur les efforts existants de standardisation des solutions de séquençage au niveau mondial, et notamment ceux du Consortium pour la Sécurité Sanitaire Mondiale (Global Health Security Consortium). Cliquez ici pour en savoir plus.